1990

1990-1991

El Barcelona sigue reforzándose, ahora con Stoichkov, Nando y Goikoetxea. La Liga comienza con una victoria por 0-1 frente al Espanyol y empieza a notarse desde las primeras jornadas un claro dominio barcelonista. A pesar de la grave lesión de Koeman en la novena jornada y de la expulsión de Stoichkov en la Supercopa y posterior sanción de dos meses sin jugar por pisar al Arbitro Urizar Azpitarte, los azulgranas se proclaman campeones con 10 puntos de ventaja sobre el segundo clasificado, el Atlético de Madrid. En el tramo final llegan victorias sonadas como un 0-6 ante el Athletic de Bilbao con cuatro goles de Stoichkov.

El 26 de febrero de 1991 Cruyff sufre una insuficiencia coronaria y tiene que ser intervenido quirúrgicamente. Lo sustituye su segundo, Carles Rexach.
En la Copa el Barcelona cae en semifinales por el Atlético de Madrid en el Calderón, en un partido en el que son expulsados Nando, Ferrer, Koeman y el propio Cruyff. En la Recopa el equipo llega a la final pero las bajas de Zubizarreta, Stoichkov y Amor debilitan al equipo, que pierde por 2-1 contra el Manchester United.

1991-1992

Llegan Witschge, Nadal, y Juan Carlos y se incorpora al equipo el joven canterano Josep Guardiola, revelación de la temporada. El Barcelona empieza mal la Liga y en las cinco primeras jornadas tan sólo puede sumar 4 puntos, quedando a 6 del Real Madrid, que había ganado los cinco primeros partidos. Pero el equipo va alcanzando poco a poco al Real Madid, y en la última jornada aprovecha la sorprendente derrota de los blancos en Tenerife por 3-2 para llevarse el título de Liga.
El Barcelona gana la Supercopa de España al derrotar al Atlético de Madrid a doble partido (0-1 y 1-1). En la Copa, en cambio, el equipo cae en los penaltis, eliminado por el Valencia en octavos de final.
La Copa de Europa es el gran objetivo y se van superando eliminatorias (con gol “in extremis” de Bakero en Kaiserslautern). El 20 de mayo de 1992 el Barcelona disputa la final en el estadio inglés de Wembley y se impone a la Sampdoria italiana por 1-0 en la prórroga, con un gol histórico de Ronald Koeman en lanzamiento de falta.
La Generalidad de Cataluña concede la Creu de Sant Jordi al Fútbol Club Barcelona.

1992-1993

Con muy pocas novedades en el equipo con respecto a la campaña anterior, el Barcelona vuelve a ganar la Liga en un mano a mano con el Real Madrid y el Deportivo de la Coruña. La derrota de nuevo en Tenerife por 2-0 del equipo madridista en la última jornada resultó decisiva.
El Barcelona gana también la Supercopa de España al derrotar al Atlético de Madrid y por primera vez gana la Supercopa de Europa frente al Werden Bremen alemán por 1-1 y 2-1. Las decepciones llegan en la Copa de Europa, donde el equipo no puede superar al CSKA de Moscú en octavos de final, en la Copa Intercontinental, que pierde ante el Sao Paulo, y en la Copa del Rey, donde el Madrid elimina al Barcelona en semifinales.
Sin oposición alguna, el 7 de enero de 1993 es reelegido presidente Josep Lluís Núñez, el cual dispone de 18.522 avalistas.

1993-1994

El Barcelona se refuerza con el fichaje del brasileño Romário y obtiene su cuarto título de Liga consecutivo.
A pesar de los muchos altibajos, el equipo acaba proclamándose campeón de Liga, empatando a puntos con el Deportivo de la Coruña. En el último minuto de la última jornada los gallegos pierden el título cuando Djukic falla un lanzamiento de penalti que detiene el valencianista González. Romário es el máximo goleador de la Liga con 30 goles y colabora de manera brillante en la clara victoria por 5-0 sobre el Real Madrid en el Camp Nou, el 8 de enero de 1994.
En la Copa del Rey el Betis, equipo de Segunda División, elimina sorprendentemente al Barcelona en cuartos de final y en la Copa de Europa el equipo y la afición reciben un gran mazazo. El Barcelona llega a la final de manera brillante pero cae rotundamente por 4-0 ante el AC Milan en partido jugado en Atenas.

1994-1995

La derrota en Atenas trae consigo graves consecuencias; Cruyff decide prescindir de Zubizarreta, Laudrup, Goikoetxea y Salinas. El “Dream Team” se desquebraja y sus sustitutos, como Hagi, Eskurza y Busquets, no hacen olvidar las figuras del equipo que obtuvo cuatro años de éxitos. El asturiano Abelardo es uno de los pocos fichajes que demuestra un buen rendimiento.
Romário, que durante el verano se proclamó campeón del mundial de EE. UU. con Brasil, se presenta con 23 días de retraso y el club lo sanciona. Pero en la primera jornada de Liga, ante las bajas de Hagi y Stoichkov, Cruyff se ve obligado a hacerle jugar.
El Barcelona acaba cuarto en la Liga a nueve puntos del Real Madrid, consiguiendo una plaza para la Copa de la UEFA en la última jornada. Gana la Supercopa ante el Real Zaragoza, pero cae eliminado de la Copa del Rey en octavos de final por el Atlético de Madrid y en cuartos de la Copa de Europa ante el Paris Saint-Germain.
Romário vuelve de las vacaciones de Navidad con la determinación de marcharse al Flamengo y acaba consiguiéndolo, pero antes participa en la derrota liguera ante el Real Madrid por 5-0.
El “Dream Team” continua descomponiéndose. Stoichkov consigue el Balón de Oro pero tiene un grave enfrentamiento con Cruyff. Al final de la temporada ficharía por el AC Parma italiano. Ronald Koeman hace público su deseo de volver a los Países Bajos y Begiristain y Eusebio también anuncian su despedida.

1995-1996

Johan Cruyff intenta rehacer un equipo campeón e incorpora un nuevo bloque de extranjeros con Prosinečki, Meho Kodro, Popescu y Figo. Da oportunidades a nuevos jugadores de la cantera, como Celades, Roger y De la Peña, junto con su hijo Jordi, que ya había destacado en el tramo final de la temporada pasada.
Los resultados no llegan y, por primera vez desde 1988, el equipo no gana ningún título oficial. El Barcelona acaba tercero en la Liga, pierde la final de la Copa del Rey ante el Atlético de Madrid y se queda a un paso de la final de la Copa de la UEFA al caer ante el Bayern Munich.
El 9 de marzo de 1996 Guillermo Amor anota en Mestalla frente al Valencia FC el gol número 4000 en la historia del club.
Los diversos enfrentamientos entre Cruyff y la directiva estallan el 18 de mayo de 1996. El presidente Josep Lluís Núñez anuncia la fulminante destitución del técnico a falta de dos jornadas para el final de la Liga. Las protestas a favor del neerlandés y en contra de la directiva son evidentes en el último partido de Liga en el Camp Nou. Su lugar lo ocupa Carles Rexach, a la espera de la llegada del nuevo entrenador para la próxima campaña, el inglés Bobby Robson.

1996-1997

Con la apertura del mercado europeo y con Bobby Robson en el banquillo, el equipo se refuerza con jugadores determinantes como Luis Enrique, Pizzi, Vítor Baía, Couto, Giovanni, Blanc y, por encima de todos, el del brasileño Ronaldo, que pronto hace buenos los 2.500 millones de ptas que la directiva pagó al PSV Eindhoven por su fichaje. El jugador se convierte en el máximo goleador de la Liga con 34 goles y es determinante en la victoria de los tres títulos conseguidos.
El Barcelona acaba segundo en la Liga, a dos puntos del Real Madrid que es el vencedor con 92 puntos. El equipo obtiene la Supercopa de España en doble partido ante el Atlético de Madrid, y la Recopa ante el Paris Saint-Germain, en la final de Rotterdam disputada el 14 de mayo de 1997 (1-0). El 28 de junio se disputa la final de la Copa del Rey en el Bernabéu, en la cual el Barcelona obtiene su 23ª copa al derrotar en la prórroga al Betis por 3-2 tras un emocionante partido.
Otro gran partido de esta temporada es la espectacular remontada contra el Atlético de Madrid en la Copa. El Barcelona logra superar un 0-3 en contra de la primera parte, con una gran segunda parte que culmina con el 5-4 definitivo.
Bakero deja el club en noviembre y se despide en un emotivo partido de Liga ante el Real Valladolid (6-1), en el cual consigue marcar un gol. Más tarde, ficharía por el Veracruz mexicano.

1997-1998

Ronaldo es la baja más destacada de la temporada. Después de muchas negociaciones no se llega a un acuerdo por la mejora de su contrato y el brasileño emigra al Inter de Milán por 4.000 millones de ptas. Se confía en el neerlandés Louis van Gaal como nuevo entrenador del equipo y en el deportivista Rivaldo como principal refuerzo azulgrana. Como fichajes más destacados, el club también contrata a los neerlandeses Ruud Hesp y Michael Reiziger, y al brasileño “Sony” Anderson.
Pese a que el equipo vence por 2-1 en el partido de ida de la Supercopa al Real Madrid, el conjunto blanco se impone en la vuelta por 4-1. En la Champions, aunque se logra la clasificación para la liguilla de dieciseisavos, el equipo no logra meterse en cuartos. Parte de culpa la tiene el Dinamo de Kiev, con un 3-0 en Ucrania y un 0-4 en el Camp Nou.
En la Liga, el equipo mantiene un codo a codo con el Madrid, pero tras el partido del Camp Nou (3-0) ante los blancos, el Barça deja casi sentenciado el Campeonato Liguero, y a falta de 4 jornadas ya es el vencedor del título. A pesar de remontadas inexplicables de sus rivales como las del Salamanca (4-3), Real Sociedad (2-2) o Valencia (3-4), el 18 de abril se proclama matemáticamente Campeón de Liga al vencer al Real Zaragoza por 1-0 en el Camp Nou.
El Barcelona gana también la Copa del Rey al vencer al Real Mallorca en la tanda de penaltis, obteniendo así el doblete (Liga y Copa), cosa que no ocurría desde la temporada 1958-59. El partido acaba con empate a uno.
El 11 de marzo el equipo gana la Supercopa de Europa al empatar a uno frente al Borussia Dortmund, gracias a la victoria por 2-0 en el partido de ida jugado en el Camp Nou.
El Barcelona es distinguido como mejor equipo del mundo de la temporada 1996-97, según la clasificacón elaborada por la IFFHS. El 27 de julio de 1997 Josep Lluís Núñez es reelegido por quinta vez como presidente del club con 24.025 votos (el 76,31 %), por los 5.209 (el 16,54 %) de su rival, Angel Fernández.

1998-1999

La temporada empieza con la pérdida de la Supercopa de España frente al Real Mallorca.
La temporada no va bien. Hay crisis de juego y de resultados y lo peor es la eliminación de la Liga de Campeones en la Liguilla de octavos, dominada por el Bayern de Munich y el Manchester United, que curiosamente disputarían la final de la competición meses más tarde en el Camp Nou, con victoria sorprendente en los últimos minutos del equipo inglés.
En un intento de redirigir el rumbo, a principios del año 1999 se incorporan al equipo los hermanos Frank de Boer y Ronald de Boer.
El mes de noviembre de 1998 empiezan los actos de celebración del Centenario del Club. Entre los muchos actos celebrados, cabe destacar el partido del Centenario (abril 1999) que enfrenta al Barcelona contra la selección del Brasil. El partido acaba con empate a 2 goles. El mes anterior se había celebrado un emotivo partido-homenaje a Johan Cruyff en el Camp Nou. La ocasión sirve para homenajear al “Dream Team” de principio de los noventa.
En la Copa es eliminado por el Valencia CF en los cuartos de final.
En la Liga el equipo logra el título a tres jornadas del final, al ganar en el Campo del Alavés por 1-4.

1999-2000

Se inicia la temporada con cuatro fichajes: Litmanen, Dani, Dehu, y Simão.
El equipo, entrenado por Louis van Gaal, acaba la Liga en segunda posición con 64 puntos, cinco menos que el Deportivo de La Coruña que se proclama campeón.
En la Liga de Campeones, el FC Barcelona es eliminado, en semifinales, por el Valencia CF que, posteriormente perdería la final al caer por 3-0 frente al Real Madrid en la final de París.
En la Copa del Rey, el Barcelona es eliminado en semifinales por negarse a disputar el partido de vuelta contra el Atlético de Madrid a causa de las lesiones y de las convocatorias de selecciones, que le obligaban a disputar el choque con tan solo nueve jugadores de campo y dos porteros. En la ida el club rojiblanco venció por 3-0. Este fue el comunicado lanzado por el club el 23 de abril:
“El FC Barcelona quiere poner de manifiesto ante la opinión pública y ante sus socios y aficionados el hecho de que se obligue a jugar a nuestro equipo un partido de semifinales de Copa a pesar de que no puede disponer del mínimo de jugadores necesarios para formar un equipo, cosa que significa un menosprecio para esta competición. El reglamento de la Copa del Rey no permite alinear a los equipos participantes más de tres jugadores del filial en un mismo partido, a fin de mantener un alto nivel de competición, y en cambio ahora se obliga a jugar a un equipo con solo diez jugadores y sin posibilidad de hacer cambios a lo largo del encuentro. También queremos poner de manifiesto la incongruencia que significa que se disputen partidos de competición española en una fecha reservada a las selecciones nacionales. En esta situación, el FC Barcelona considera imposible afrontar un partido de una competición tan importante si no es en igualdad de condiciones respecto a nuestro rival”.
El único título de la temporada es la Copa Cataluña.
El fracaso de la temporada genera una gran crispación entre la afición y en los medios de comunicación que desemboca en la dimisión de Josep Lluís Núñez, que pone fin a sus 22 años de presidencia y convoca elecciones para el 27 de julio de 2000. En solidaridad con Josep Lluís Núñez dimite el entrenador neerlandés Louis van Gaal.
Acabada la temporada, el club se ve inmerso en los meses de junio y julio en el histórico proceso electoral del que saldrá el sucesor de Núñez. Se presentan como candidatos a las elecciones el hasta entonces vicepresidente del club Joan Gaspart, que presenta una candidatura continuista, y el publicista Lluís Bassat, que aglutina a todos los sectores críticos con el modelo “nuñista” y propone una profunda renovación en el club.
El proceso electoral se ve marcado por las renovaciones a las dos figuras del equipo: Rivaldo y Luís Figo. Mientras Rivaldo acepta esperar a que concluyan las elecciones y negociar su renovación con el presidente que salga elegido, Figo acepta una propuesta de Florentino Pérez, candidato a las elecciones del Real Madrid, que tienen lugar una semana antes que las del FC Barcelona. Pérez gana las elecciones madridistas contra todo pronóstico.
El 27 de julio de 2000 Joan Gaspart es elegido nuevo presidente del FC Barcelona. Florentino Pérez paga al FC Barcelona los 11.500 millones de pesetas de la cláusula de rescisión de Figo y presenta al portugués como nuevo jugador del Real Madrid.